Воспользуйтесь средствами автоматизации InstallAware - это самый быстрый способ создать кастомный MSI пакет. Проимпортируйте в InstallAware Install Builder любой MSI пакет и отредактируйте его на свое усмотрение. API инструмента поддерживает ASP.NET.
Bookmark Installaware.com: